Самые известные и самые большие - это карстовые пещеры. Их образование связано с процессом карста (выщелачивание и растворение пород ). Именно поэтому такие пещеры еще называют пещерами выщелачивания либо коррозионными пещерами. Пещеры могут возникать и в результате таяния тела ледника и образования в нем пустот (ледниковые пещеры), такие полости могут достигать глубины и протяженности до сотни метров. Так же пещеры возникают за счёт эрозии и выветривания твёрдых горных пород (эрозионные пещеры). Такие пещеры могут встречаться на берегах моря либо в долинах рек текущих по плоскогорью.
Вулканические формируются при утечке нижнего слоя лавы из под застывшего верхнего слоя. Вулканические пещеры могут быть длинной несколько сотен метров.
Встречаются пещеры этого типа образованные газами, выходящими через расплавленную лаву, представляющие собою вертикальные колодцы с полуметровым диаметром, уходящие на глубину до 10-15 метров.
На месте стыка тектонических плит, а так же в местах их разломов могут образоваться тектонические пещеры, это могут быть вертикальные пещеры, имеющие глубину до 100 метров. Хотя встречаются они часто, но изучены пока довольно слабо.
Крымская государственная горная инспекция Госгорпромнадзора запретила посещение пещер Трехглазки и Ялтинской. Решение об их закрытии было принято в связи с тем, что руководство Ялтинского горно-лесного заповедника нарушило законодательство по использованию недр. В основном нарушения связаны с отсутствием у администрации ряда необходимых бумаг.
В Тернопольской области на территории заповедника карстовых пещер в междуречье Днестра, Серета и Збруча украинские спелеологи обнаружили уникальную карстовую пещеру. Пещера, получившая название “музейная”, - самая длинная в мире.