Как известно, большая часть крымских пещер считается памятниками природы. И для того, чтобы наилучшим образом исследовать, а затем и систематизировать полученные данные о подземных мирах в Крыму выделяют 4 спелеологических района: плато Чатыр-Дага, Ялтинское и Центральное карстовое плато, Долгоруковская яйла, Караби-яйла.
Спелеорайоны восточного Крыма гораздо более насыщены карстовыми полостями, чем западно-крымские. Здесь насчитывается около 400 карстовых образований различных форм. В восточном Крыму располагается знаменитый Чатыр-Даг. Плато Чатыр-Дага насчитывает около 135 пещерных образований глубиной от 1 до 200 м.
На Ялтинской яйле и Центральном карстовом плато находиться несколько сот карстовых полостей, причем, только на Ай-Петринской их около трехсот. Наиболее интересны в этом спелеорайоне следующие пещеры: Висячая, Медовая, Каскадная, Геофизическая, а также пещера-источник Мисхорская.
Именно на Долгоруковской яйле была найдена самая протяженная в Европе пещера - Кизил-Коба (16 км). Недалеко от Кизил-Кобы находятся пещеры Ени-Сала II и Ени-Сала III, где еще остались следы поселений железного века. Здесь же находиться пещера Алешина и шахта Аверкиева.
Плато Караби-яйла площадью 113 км2, имеет более 4000 полостей различного вида. Здесь были найдены останки древних животных. На Караби-яйле находится глубочайшая пещера Крыма - шахта Солдатская (517 м). Здесь же расположена, имеющая ледяной покров пещера Бузлук-Коба, а также пещеры: Туакская, Аджи-Коба, Мамина; и шахты: Эгиз-Тинах I, Эгиз-Тинах II, Эгиз-Тинах III, Гвоздецкого, Крубера, Тисовая, Монастыр-Чокрак, Мира и Карасу-Баши.
Помимо основных спелеорайонов в на Крымском полуострове располагаются отдельные пещеры, не включенные ни в один из комплексов.
Крымская государственная горная инспекция Госгорпромнадзора запретила посещение пещер Трехглазки и Ялтинской. Решение об их закрытии было принято в связи с тем, что руководство Ялтинского горно-лесного заповедника нарушило законодательство по использованию недр. В основном нарушения связаны с отсутствием у администрации ряда необходимых бумаг.
В Тернопольской области на территории заповедника карстовых пещер в междуречье Днестра, Серета и Збруча украинские спелеологи обнаружили уникальную карстовую пещеру. Пещера, получившая название “музейная”, - самая длинная в мире.