Морфологию, микроклимат и органический мир, а так же наскальную роспись и скульптурные изображения пещер изучает спелеология. В основном, спелеология занимается карстовыми пещерами, так как это самый распространённый тип пещер.
Название науки берет начало от греческого слова spelaion - пещера. Как наука спелеология сформировалась в Западной Европе (Франция, Италия), крупнейшие её открытия относятся к концу 19- середине 20 века. Путь развития науки разделился на две ветви: теоретическую изучающую механизмы возникновения полостей в земной коре и практическую или прикладную. В 50-60 годы двадцатого века спелеология приходит в туризм и спорт.
В спелеологию входит ряд составляющих её наук: спелеогенез, карстоведение, биоспелеология, антропоспелеология и т.д.
Крымская государственная горная инспекция Госгорпромнадзора запретила посещение пещер Трехглазки и Ялтинской. Решение об их закрытии было принято в связи с тем, что руководство Ялтинского горно-лесного заповедника нарушило законодательство по использованию недр. В основном нарушения связаны с отсутствием у администрации ряда необходимых бумаг.
В Тернопольской области на территории заповедника карстовых пещер в междуречье Днестра, Серета и Збруча украинские спелеологи обнаружили уникальную карстовую пещеру. Пещера, получившая название “музейная”, - самая длинная в мире.