Пещеры по своему происхождению подразделяются на несколько групп.
Наиболее многочисленными являются карстовые пещеры. Помимо них, в крае встречаются вулканические, абразионные, выветривания и искусственные.
Вулканические пещеры образуются в результате вытекания неостывшей лавы из-под верхнего, более остывшего слоя лавы. В районе пос.Ключи на Камчатке такие пещеры имеют длину многие сотни метров. Хотя в Приморском крае имеются обширные базальтовые плато, такие пещеры практически отсутствуют. Чаще встречаются небольшие (длиной до 10 - 15 м) полости, главную роль в образовании которых сыграло выветривание на горизонтальным трещинах напластования слоев базальтовой лавы, а также по трещинам разгрузки, когда на крутых склонах гор, сложенных базальтами, скалы дробятся на блоки вертикальными трещинами.
Крымская государственная горная инспекция Госгорпромнадзора запретила посещение пещер Трехглазки и Ялтинской. Решение об их закрытии было принято в связи с тем, что руководство Ялтинского горно-лесного заповедника нарушило законодательство по использованию недр. В основном нарушения связаны с отсутствием у администрации ряда необходимых бумаг.
В Тернопольской области на территории заповедника карстовых пещер в междуречье Днестра, Серета и Збруча украинские спелеологи обнаружили уникальную карстовую пещеру. Пещера, получившая название “музейная”, - самая длинная в мире.
